Danışmanlık Hizmetleri.
HGM, moleküler genetik analizler konusunda araştırma projeleri yazımı, danışmanlık, biyoinformatik ve biyoistatistik
analiz hizmetleri veriyor.
Hizmet kapsamındaki moleküler analizler
- PCR temelli genetik analizler: Filogenetik analizler, Mutasyon analizleri (RFLP, ARMS, SSCP, HA, DHPLC, HRM), DNA dizi analizi
- Primer tasarımı: PCR temelli genetik analizler için amaca özgü primerlerin tasarlanması
- Mikrodizin analizleri:
Genom projelerinin sonuçlarının ardarda edinildiği son 10 yıldır bu kapsamda elde edilen verilerle yüksek işlem hacimli analiz platformları ile analiz edilmektedir. Bu analiz platformlarının başında mikrodizin teknolojisi gelmektedir.
- Transkriptom analizleri: Mikrodizin analizleri ile hücre veya dokularda ifade edilen genlerin global profillerinin karşılaştırılması suretiyle değişik hastalıkların veya etken maddelerin transkriptom üzerindeki etkilerinin değerlendirilebilmesi mümkündür. Böylelikle hastalıklara özgü moleküler imzaların saptanabilmesi, yeni ilaç hedef moleküllerinin tanımlanması ile hücre fizyolojisi ve metabolizmasında sorgulanan yolakların analizi gerçekleştirilebilmektedir.
- Genom analizleri: Genom ebadında tekli nükleotid polimorfizmlerinin yüksek rezolüsyonda temsil edildiği mikrodizinlerle multigenik ve multifaktöryel hastalıklarda yatkınlığa neden olan genlerin belirlenmesinde ilişkilendirme (asosiyasyon) analizleri, tek gen hastalıklarında sorumlu genin belirlenebilmesi için bağlantı (linkage) analizleri gerçekleştirilebilmektedir. Aynı platformlarda genomdaki kopya sayısı değişimleri de sitogenetik araçlardan çok daha yüksek bir rezolüsyon ile belirlenebilmektedir.
- Yeni Nesil Sekanslama Yaklaşımları .
Genom projeleri çağında omik teknolojilerinin geldiği son noktada genom projelerini tek bir cihazla ve yüksek rezolüsyonda gerçekleştirebilecek, geleneksel sekanslama teknolojilerine göre çok daha düşük maliyetli yeni nesil sekanslama teknolojileri geliştirilmeye başlamıştır. Bu kapsamdaki teknolojiler halen geliştirilmektedir. Günümüzde yaygın olarak kullanılan yeni nesil sekanslama teknolojileri ile 7 saatlik bir süre içinde 500 milyon baz çifti okunabilmektedir.
Yeni nesil sekanslama teknolojileri yalnızca genom sekanslama amacı ile kullanılmamakta daha geniş bir uygulama sahasına hitap edebilmektedir.- De Novo Sekanslama: Önceden dizisi, genomu bilinmeyen bir canlının genom dizisinin ortaya çıkarılması
- Yeniden Sekanslama: Önceden genom dizisi ortaya çıkarılmış bir canlının değişik bireylerinin yeniden dizilenmesi
- Hedefe Yönelik Sekanslama: 5 milyon baz çiftine kadar uzanan bir genomik bölgenin özel mikrodizinler ile tespit ve çöktürülmesinin ardından yeni nesil sekanslama teknolojisi ile dizilenmesi
- Amplikon Sekanslama: Genomda değişik lokuslardaki genlerin veya çok uzun bir genomik lokusa yayılmış bir genin birden fazla örnekte aynı anda dizilenmesi
- Deep Amplicon Sekanslama: Örneği oluşturan hücrelerde heterojenlik (tümör dokusu gibi) olması durumunda farklı hücrelerin genomlarındaki farklılıkların yakalanabilecek şekilde dizilenebilmesi (%1 oranında gözlenen bir değişim bu teknoloji ile yakalanabilmektedir).
- Metilasyon Analizleri: Genomda metillenmiş olan genlerin metilasyon düzeylerinin tespiti.